Макото Юки перевелся в частную академию Гэккокан и на него напал странный монстр, называемый Тенью. Он пробудил в юноше необычную силу, позволяющую вызывать Персону. Увидев большой потенциал Макото, члены секретного школьного клуба SEES, ведущие борьбу с этими существами, предлагают парню
Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым
Макото и его союзники выросли и прошли через много встреч, расставаний и испытаний. Их борьба ведется уже не ради мира, а ради их самих. Они продолжают сражаться, веря, что в конце их ждут мирные дни. Однако Юки утверждает, что разрушение — это судьба человечества, которую люди должны принять.